Η ειδική διαπαιδαγώγηση έχει σαν στόχο τη μαθησιακή υποστήριξη σε παιδιά και εφήβους που παρουσιάζουν ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες λόγω της ύπαρξης κάποιας διαταραχής λόγου/ομιλίας, μαθησιακής δυσκολίας, ειδικής μαθησιακής δυσκολίας(συνηθέστερα Δυσλεξία), νοητικής υστέρησης, αναπτυξιακής διαταραχής, ΔΕΠ-Υ, διαταραχή συμπεριφοράς, κ.ά. Το πρόγραμμα της ειδικής διαπαιδαγώγησης είναι εξατομικευμένο, σύμφωνα με τις ανάγκες του μαθητή και μπορεί να στοχεύει στην ανάπτυξη των δεξιοτήτων της συγκέντρωσης και της προσοχής, της οπτικής και ακουστικής αντίληψης, της φωνολογικής ενημερότητας, της γλωσσικής καλλιέργειας, της εκτέλεσης εντολών, κ.ά. Επιπλέον, μπορεί να επικεντρώνεται στους τομείς:
 

• Παραγωγής γραπτού λόγου και έκφρασης
• Προμαθηματικών εννοιών
• Μηχανισμός ανάγνωσης
• Κατανόηση αναγνωστικού υλικού
• Εκμάθηση γραμμάτων
• Αναζήτηση, εντοπισμό και επεξεργασία πληροφοριών
• Μαθηματική σκέψη και ανάλυση
• Γραμματική και ορθογραφία
• Αντιγραφική λειτουργία
• Μορφολογία/πραγματολογία

Ο ρόλος του ειδικού παιδαγωγού είναι και συμβουλευτικός. Ο ειδικός παιδαγωγός μπορεί δηλαδή να κατευθύνει τους γονείς του μαθητή, έτσι ώστε να μπορεί ο μαθητής να διαβάζει επιτυχημένα και πιο αποδοτικά και στο σπίτι.